Como parte de la aplicación de la Ley de Memoria Histórica aprobada por el Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero en 2007, en mayo de 2011 se constituyó una Comisión de Expertos para discutir el futuro del Valle de los Caídos. 

La comisión estaba presidida por el exministro socialista Virgilio Zapatero y el Magistrado del Tribunal Constitucional (en aquella época rector de la Universidad Rey Juan Carlos), Pedro González-Trevijano. De la comisión formaban parte también otras once personas, entre ellas el 'padre' de la Constitución Miguel Herrero y Rodríguez de Miñón.

El informe final de la comisión fue remitido al Gobierno el 29 de noviembre de 2011, cuando el Ejecutivo estaba ya en funciones, después de la victoria por mayoría absoluta de Mariano Rajoy. 

En las consideraciones del mismo se mencionaba lo siguiente sobre la ubicación de los restos de Francisco Franco: "Su presencia en la Basílica es, en primer lugar, incongruente con la finalidad original que motivó la construcción del Valle de los Caídos, que no era sino acoger únicamente los restos de fallecidos con ocasión de la Guerra Civil. Su inhumación entre los muertos y las víctimas de la Guerra trastoca el sentido primitivo del memorial. Tampoco tiene constancia esta Comisión que este fuera el propósito del general Franco y de su propia familia. Asimismo, la presencia en la Basílica de los restos del general Franco dificulta el propósito de hacer del conjunto un lugar para la memoria de las víctimas de la Guerra Civil, sin ninguna otra connotación ideológica o política".

Además, en las conclusiones de ese mismo informe se puede leer lo siguiente: "(...) esta comisión recomienda que los restos del general Francisco Franco sean trasladados al lugar que designe la familia o, en su caso, al lugar que sea considerado digno y más adecuado. A tal efecto el Gobierno deberá buscar los más amplios acuerdos parlamentarios y habrá de negociar con la Iglesia la oportuna autorización".

La comisión mencionaba además que, si bien los restos de Primo de Rivera correspondían en el Valle, dado que fue víctima de la Guerra, "aquellos no deben ocupar un lugar preemionente en la Basílica".

Tres de los miembros de la comisión, Miguel Herrero y Rodríguez de Miñón, Pedro González-Trevijano y Feliciano Barrios emitieron un voto particular en el que, en referencia a los restos de Franco, decían lo siguiente: "La exhumación y traslado de los restos de un jefe de Estado (...) resultaría hoy impropia en nuestro contexto europeo y occidental (...). La exhumación es, al menos hoy (era 2011) inoportuna, y contribuiría a dividir y radicalizar la opinión pública (...). Una parte no pequeña de los españoles considerarían que la exhumación supone una descalificación de un largo periodo de la historia de España y a otra parte resultaría muy ingrato el traslado de los restos del general Franco con la dignidad que corresponde a un Jefe del Estado".

Así, pues, la Comisión de Expertos ya aconsejó el traslado de los restos de Franco en 2011, pero con el voto particular de tres de ellos que lo desaconsejaban.