Maxi Villa desarrolló su etapa de formación en la base del Club Nacional, uno de los clubes más emblemáticos de Uruguay. Allí progresó hasta llegar al primer equipo y su rendimiento llamó la atención del Girona FC, que en el verano de 2017 lo reclutó para el CF Peralada-Girona B como cedido por su club de origen.
En su primera temporada en el club catalán se afianzó como titular en Segunda División B e incluso tuvo la oportunidad de debutar con el primer equipo en la Copa del Rey. Para el tramo inicial de la temporada 18/19 regresó al Club Nacional, pero el Girona le incorporó de nuevo, ya en propiedad, en el mercado de invierno.
En esa segunda fase de la campaña volvió a ejercer como titular en el CF Perelada-Girona B. Ahora se une al proyecto de la Deportiva para la nueva temporada en LaLigaSmartBank.