La devoción a San Juan Bautista se ancla en la ciudad desde tiempo inmemorial, no en vano una de las más importantes parroquias conquense era la de San Juan Bautista en la que figuraba la talla de Salvador Carmona. El estado ruinoso del inmueble hace que la talla se traslade a la parroquial del Salvador iniciando los trámites para constituir la hermandad en la primera década del s.XX.

No obstante la constitución de la hermandad se realizará en 1934, quedando destruido prácticamente todo su patrimonio en la contienda civil.

Tras esta, Luis Marco Pérez entrega la actual talla en 1941 desfilando por primera vez en 1942. La hermandad, desde su origen, participó en la procesión del Silencio en la tarde del Miércoles Santo. La creación del desfile del perdón por la Junta de Cofradías en los años 50 del siglo XX obliga, tras un tenso y largo tira y afloja, a la hermandad a realizar su recorrido procesional en la tarde del Martes Santo presidiéndolo.

Las actuales andas son obra de José Gallego luciendo en los laterales seis tablas, obras del hermano y artista Tomás Bux con motivos referentes a la vida de San Juan.

Es característico en su desfile la presencia de cuatro clarines que, delante de la imagen, anuncia la llegada del Precursor.