Pero la persecución arrecia golpeando duramente a los cristianos, y en una de las detenciones es apresada Apolonia. Los captores le obligan blasfemar de Jesucristo, tentación que ella rehuye con firmeza, lo que le cuesta que le arrojen piedras contra la boca. Por fin le amordazan, intentando que apostate, situación a la que se niega nuevamente. Al intimidarla con arrojarla a la hoguera, ella misma se arroja dejando claro su amor por Dios, que llega al punto de dejarse quemar viva por Él. Previamente se había encomendado al Cielo entrando en una fuerte experiencia de Oración, sintiendo que la Providencia le ayudaría, como así fue, en el tormento. Algunos fieles recogieron sus dientes y demás cenizas, repartiéndolo por diferentes Iglesias a modo de reliquias. Siempre se la ha invocado como abogada de las enfermedades dentales.