Su cargo de capitán imperial, le hará si cabe mayor defensor de la causa de Cristo. Pero pronto será descubierto y denunciado ante el emperador Maximino quien, tras informarse de la condición cristiana de Sebastián le llama y le pone en una disyuntiva: Si acepta ofrecer un sacrificio a los ídolos será ascendido, mientras que si persiste en su creencia será condenado a muerte como prescribía la ley de Roma. Cuando él proclama su fe con toda claridad, declarando que seguirá así hasta el final, es llevado a un árbol donde morirá asaeteado por las flechas de sus propios compañeros militares. Pronto levantarían en Roma una Basílica dedicada a él, invocándole como protector de los heridos, de las plagas y de las enfermedades. San Ambrosio pronunció grandes sermones, elogiando la personalidad testimonial del Santo. Es Patrón de los soldados, de los atletas y los arqueros. También hoy es la Jornada de las Migraciones.