En 1599 construyó la primera Parroquia, en Chandecán, bajo el Título del Sagrado Nombre de Jesús. Este Templo se realizó gracias a la colaboración del rey Arrakán. En un primer momento se ganó su amistad y apoyo, que luego después se transformarón en desconfianza.La ocasión se presentó cuando el religioso vio cómo el monarca usaba esa amistad para lograr la esclavitud de los niños portugueses que accedían a Bangladesh. Esto provocó la denuncia de la aptitud del rey, y el consiguiente encarcelamiento de Francisco, que sufrió brutales palizas dentro de la prisión.Muere después de multitud de golpes que recibió, en el más absoluto olvido. Un tiempo después, algunos cristianos recuperaron su cuerpo y le dieron la sepultura debida, convirtiéndose así, en el primer intercesor de la Iglesia en Bangladesh.