Asuntos como, por ejemplo, el canon de explotación, lo que cada administración tendrá que pagar de sus arcas para compensar las pérdidas que genere este medio de transporte, ya que el viaje de cada usuario cuesta más de lo que cada usuario paga por el billete. Pero no es la única cuenta pendiente, todavía, Junta y Ayuntamiento no han acordado con qué inversiones de movilidad en la ciudad va a compensar el Consistorio su aportación a la obra del metro. En el listado municipal se incluye, por ejemplo, la compra de autobuses de la EMT, inversión que la Junta ha rechazado. Francisco de la Torre, alcalde de Málaga, afirmaba que se siente “sorprendido de que no haya el clima que debe haber para dejar este tema ya resuelto de acuerdo con el juego limpio que nosotros hemos mostrado en materia del metro en aquella reunión en las instalaciones del metro para buscar una salida a un problema que a la Junta le agobiaba muchísimo”.