Desde el inicio de la pandemia de coronavirus, el Servicio de Secuenciación y Bioinformática de la Fundación Fisabio ha secuenciado cerca de 4.000 muestras del virus del SARS-CoV-2, lo que representa el 70 por ciento de las secuencias de virus obtenidas en España y sitúa al país como el cuarto del mundo en número de secuencias aportadas a la red GISAID (repositorio mundial público de secuencias).

En concreto, el proyecto de secuenciación del virus, liderado por el investigador del IBV-CSIC, Iñaki Comas, se centra en la obtención de secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 y en la recogida de datos epidemiológicos del virus para establecer las rutas detalladas de transmisión en diferentes áreas geográficas y comprender mejor la dinámica del virus, así como para estudiar el desarrollo de nuevos medicamentos, tratamientos y vacunas. Asimismo, cabe destacar que se trata de una acción cofinanciada por la política de cohesión de la Unión Europea (UE) a través del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER).

"Sin esta importante inversión en infraestructuras, la Fundación Fisabio no hubiera podido poner en marcha con tanta rapidez un laboratorio de diagnóstico de emergencia y de vigilancia del virus SARS-CoV-2 que nos ha permitido ofrecer una respuesta efectiva ante la pandemia. Este papel fundamental en el seguimiento de la Covid-19 también será alcanzable para la vigilancia de otros brotes en la Comunitat Valenciana en un futuro", ha destacado el director gerente de Fisabio, José Antonio Manrique.

Asimismo, en los últimos seis meses se han cedido muestras a través de la RVB a diferentes proyectos de investigación, entre cuyos fines se encuentran la caracterización clínica-biológica-molecular de la enfermedad Covid-19, el desarrollo de técnicas de diagnóstico virológico del SARS-CoV-2, la caracterización del virus SARS-CoV-2 y estudios de resistencia antiviral.

En este sentido, destaca la obtención de más de 10.000 muestras (de sangre periférica, ADN, ARN, plasma, suero, orina, saliva, etc.) de 7.050 pacientes con COVID-19 (clasificados como muy graves, graves leves y asintomáticos).

Con el apoyo de los fondos de la UE, Fisabio ha creado dos laboratorios de seguridad biológica de nivel 2+ y 3 que han permitido un laboratorio de diagnóstico de respuesta de emergencia ante una pandemia de SARS-CoV-2. Este laboratorio, coordinado por Pedro Martí (Laboratorio de Salud Pública de València) y Xavier López-Labrador (Laboratorio de Virología de Fisabio-Salud Pública) ha realizado pruebas PCR de detección del nuevo coronavirus en más de 18.000 muestras.

Así, el proyecto, que co-lidera el responsable de la Unidad Mixta de Investigación en Infección y Salud Pública de la Fundación FISABIO-Universitat de València y del Laboratorio en Red de Vigilancia de Resistencias a Antimicrobianos de la Comunitat Valenciana, Fernando González, también evalúa el impacto de las diferentes medidas adoptadas ante la pandemia, analizando el número de infecciones no diagnosticadas, con el objetivo de proporcionar información útil para la vigilancia en los próximos meses.

15.000 SECUENCIAS COMPLETAS DEL VIRUS

En el estudio se obtendrán y analizarán unas 15.000 secuencias completas del genoma del virus, procedentes de más de 30 laboratorios clínicos de Microbiología de toda España.

Gran parte de estas secuencias serán obtenidas por el Servicio de Secuenciación y Bioinformática de Fisabio, que ha aumentado también sus capacidades máximas con la financiación recibida por los fondos de Política de cohesión de la UE. En particular, la adquisición de un secuenciador Illumina NextSeq500 ha permitido pasar de secuenciar 80 genomas bacterianos por semana a 400.

Así, en el caso de la secuenciación de SARS-CoV2, actualmente el Servicio de Secuenciación dispone de una capacidad máxima de 1.376 muestras a la semana. Con anterioridad a la financiación europea, esta capacidad era de 192.