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CORONAVIRUS PANDEMIA

Crean herramienta bioinformática para analizar variantes genéticas del virus

El Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela (IDIS) ha creado una herramienta que facilita a investigadores y unidades hospitalarias que producen secuencias del coronavirus de pacientes con covid-19 poder alinearlas con el genoma de referencia del SARS- CoV-2.

Agencia EFE

Tiempo de lectura: 2'Actualizado 14:25

El Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela (IDIS) ha creado una herramienta que facilita a investigadores y unidades hospitalarias que producen secuencias del coronavirus de pacientes con covid-19 poder alinearlas con el genoma de referencia del SARS- CoV-2.

La plataforma de análisis CovidPhy, creada por los investigadores Antonio Salas y Federico Martinón, también permite conocer los genomas que más impacto tuvieron en los brotes fruto de grandes eventos de supercontagio.

Los detalles de esta nueva plataforma han sido publicados en la revista Environmental Research, donde sus creadores explican que esta herramienta bioinformática clasifica automáticamente las secuencias en las variantes del virus conocidas, incluida la tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma o delta.

Es una herramienta que surge del esfuerzo que desde los inicios de la pandemia llevamos realizando en nuestro grupo de investigación para contribuir a entender la variabilidad y la dinámica del virus en todo el mundo, y de manera más específica, a nivel estatal, señala Antonio Salas.

CovidPhy permite, además, explorar la distribución geoespacial de variantes del virus en el mundo, así como conocer cuáles son los genomas que más impacto tuvieron en los brotes que fueron surgiendo, fruto de grandes eventos de supercontagio.

En este sentido, Salas indica que desde muy al principio de la pandemia nos dimos cuenta de que el verdadero catalizador eran los eventos de supercontagio y hoy ya existe una evidencia bien consolidada en la literatura científica. La novedad es que CovidPhy recoge los eventos más importantes y aporta información sobre sus características.

Por su parte, Federico Martinón, jefe del Servicio de Pediatría del Hospital Clínico de Santiago, subraya que CovidPhy representa una nueva cara visible de sus esfuerzos por contribuir a entender mejor esta pandemia.

Es una herramienta que ayudará a muchos laboratorios e investigadores de todo el mundo a analizar sus resultados de secuenciación del virus e interpretarlos. Es útil no solo en la investigación básica sino también en la práctica clínica, comentó.

En este proyecto, financiado por la Agencia de Conocimiento en Salud (ACIS) y la Agencia Gallega de Innovación GAIN-RESCATA de la Xunta, también han participado Xabier Bello, programador informático; Jacobo Pardo, matemático; y Alberto Gómez, biólogo y genetista.

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