El italiano Niccolo Antonelli (Honda) ganó la batalla de los rebufos y sorprendió a la totalidad de los favoritos para conseguir el mejor tiempo de entrenamientos del Gran Premio de la República Checa de Moto3 en el circuito de Brno. Antonelli logró su mejor vuelta rápida en el último giro, en el que aprovechó la aspiración de las motos de sus rivales para volar camino de su primera mejor clasificación de entrenamientos de la temporada y la segunda de su carrera deportiva tras la de Valencia el pasado año. El piloto italiano, natural de la localidad de Cattolica, marcó un mejor tiempo de 2:07.667 y superó con ello por apenas dos milésimas de segundo al británico Danny Kent (Honda), el líder del mundial y principal candidato a esa posición de entrenamientos y en 33 milésimas de segundo al español Jorge Navarro (Estrella Galicia 0'0 Honda), quien durante algún tiempo fue primero en la tabla. En apenas tres vueltas ya se puso al frente de la clasificación uno de sus habituales, el español Efrén Vázquez (Honda), 2:08.443, que desbancó al surafricano Brad Binder (KTM), aunque todavía con mucho entrenamiento por delante como para no pensar en que al final el británico Danny Kent, líder destacado del mundial, no optase a su quinta mejor clasificación de la temporada. Así fue como en la novena vuelta Kent dio un paso al frente para encabezar la clasificación, pero no duró demasiado su posición ya que poco después le superó Jorge Navarro y las diferencias en cabeza de la tabla comenzaron a apretarse. Estaba claro que las dos o tres últimas vueltas iban a ser una lucha intensa por buscar un piloto rápido tras el que colocarse pero sin la posibilidad de esperar de manera descarada en la pista, pues ello conllevaría la correspondiente sanción. En ese "trabajo fino" de buscar los rebufos, Niccolo Antonelli se mostró muy acertado y cuando ya casi todos daban por bueno el resultado, una vez más, la quinta de la temporada hubiese sido, con Danny Kent líder de los entrenamientos en la República Checa después de desbancar de la primera plaza a Jorge Navarro, el italiano los dejó a todos en la estacada y se aupó hasta la mejor posición de la formación de salida. En la segunda línea acabó el francés Fabio Quartararo (Estrella Galicia 0'0 Honda), que también mandó durante algunos minutos en la clasificación, acompañado de su compatriota Alexis Masbou (Honda) y el surafricano Brad Binder (KTM). Efrén Vázquez (Honda) y Jorge Martín (Mahindra), acabaron en la tercera línea de la formación de salida, por detrás del checo Karel Hanika (KTM), mientras que algo más atrás, decimotercero y siguiente, se situaron Juanfran Guevara (Mahindra) e Isaac Viñales (KTM)

Clasificación oficial de los entrenamientos del Gran Premio de la República Checa de Moto3:

1. Niccolo Antonelli (ITA/Honda) 2:07.667 a 152,3 km/h.
2. Danny Kent (GBR/Honda) 2:07.669
3. Jorge Navarro (ESP/Estrella Galicia 0'0 Honda) 2:07.700
4. Fabio Quartararo (FRA/Estrella Galicia 0'0 Honda) 2:07.815
5. Alexis Masbou (FRA/Honda) 2:07.886
6. Brad Binder (AFS/KTM) 2:08.115
7. Karel Hanika (RCH/KTM) 2:08.116
8. Efrén Vázquez (ESP/Honda) 2:08.283
9. Jorge Martín (ESP/Mahindra) 2:08.322
10. John McPhee (GBR/Honda) 2:08.420
11. Jules Danilo (FRA/Honda) 2:08.483
12. Miguel Oliveira (POR/KTM) 2:08.495
13. Juanfran Guevara (ESP/Mahindra) 2:08.517
14. Isaac Viñales (ESP/KTM) 2:08.555
15. Enea Bastianini (ITA/Honda) 2:08.598