Felipe II comenzó a reinar en España en 1556. Hijo de Carlos I de España e Isabel de Portugal, el monarca heredó un gran imperio que durante su reinado llegó a ser el más grande de la historia mundial, teniendo territorios en todos los continente. Se decía que en su imperio nunca se llegaba a poner el sol. Además, España llegó a ser la primera potencia de Europa.

La capital del reino se situaba en Toledo, aunque Valladolid también tenía un peso importante en la corte. Pero Felipe no se sentía cómodo en la ciudad toledana, la influencia en el pueblo de los nobles y de la Iglesia menguaba el poder del soberano. Por otra parte, su tercera esposa, la Reina Isabel de Valois, detestaba la ciudad, decía que se sentía encerrada por sus calles estrechas y los muros del alcázar. La Reina mostraba una gran debilidad por la villa de Madrid, que contaba con una posición geoestratégica idónea y una gran cantidad de fuentes de agua. 

Valladolid fue otra de las candidatas más fuertes. Tenía tradición de albergar a la corte y era una de las ciudades más importantes de la península. Pero su apoyo a los comuneros durante la revuelta provocó su rechazo por parte de Felipe II para ser la capital. Barcelona también fue una de las posibilidades. Tenía puerto y era fuerte económicamente, pero al igual que Valladolid la revuelta comunera le perjudicó. La ciudad condal estaba adscrita al Consejo de Aragón y Felipe II tenía más poder en Castilla.

Otra de las ciudades importantes que fueron rechazadas fue Sevilla. A pesar de ser una población próspera, tener salida al mar a través del Guadalquivir y encontrarse en emplea empresa americana, el Rey decidió declinar esta opción. Los motivos fueron que la ciudad andaluza ya contaba con una nobles fuerte, más de 30 casas de nobles, y un obispado, por lo que al igual que Toledo no era la mejor opción.

La última opción fue Lisboa, Portugal pertenecía al monarca y podía ser una muestra de poder en el país vecino. Pero Felipe II no consideró que la capital del reino debiera estar fuera de Castilla. 

Finalmente, el 8 de mayo de 1561 se eligió cuál sería la próxima capital. La población que mejores condiciones requería era Madrid, estaba bien situada, rodeada de bosques y abastecida por el Manzanares y una gran cantidad de pequeños ríos, sin poderes externos que pudieran influenciar en el pueblo o en las decisiones del Rey. Desde entonces la capital se ha mantenido en Madrid, exceptuando contadas ocasiones especiales en las que la capital se ha movido momentáneamente.