El equipo de investigación de la Comisión para la Investigación Técnica de Accidentes de Aeronaves Militares (CITAAM) baraja como principal hipótesis del accidente el desvanecimiento del piloto, el capitán del Ejército del Aire Borja Aybar, de 34 años y natural de Puertollano (Ciudad Real).
También manejan otras dos hipótesis, pero menos probables: un fallo total del avión y que el caza se viera afectado por una turbulencia inesperada durante una maniobra que le hizo perder el control cuando iniciaba la aproximación para aterrizar.

La CITAAM continúa sus trabajos de investigación sobre el terreno, hablando con testigos y analizando comunicaciones y piezas de los restos del avión para esclarecer las causas del accidente que acabó con la vida de Borja Aybar, un experimentado piloto con 1.238 horas de vuelo acumuladas, la mayoría a los mandos de cazas de combate.