Consagrado en la Catedral Hispalense, se incorpora a Perú en un momento con graves dificultades. Esto no le aparta de su Ministerio caracterizado por la prudencia y la capacidad de unir a todos en bien del Reino, desgastándose por los indios y nativos de aquellas tierras. Convocó diversos concilios y, con no pocos aprietos trató de aplicar las conclusiones del Concilio de Trento. Tampoco se puede olvidar su aprendizaje del quechua para entenderse con los indios, o la redacción de un Catecismo en quechua y castellano. Destacable fue, igualmente, su atención a los bautizados que provenían del mundo pagano. Su celo por las almas le llevó a enfrentarse en multitud de ocasiones con las autoridades civiles, lo cual no le minó en su defensa del Evangelio de Cristo. Muere en 1606, atendido por uno de sus misioneros cuando hacía una visita pastoral.