Su santidad de vida hace que se acerquen hasta él muchos pastores de la Iglesia en busca de consejo. Regía entonces la iglesia el papa Dono quien se fija en las grandes virtudes de Agatón, ordenándole sacerdote, a pesar de que no tuviese todos los estudios necesarios para ordenarse. Al morir el Pontífice, es designado él para ocupar la Silla de Pedro. Tres años duraría su Pontificado en el que condena la herejía monotelita, promovida por el Patriarca Sergio de Constantinopla que defendía una sola voluntad en Cristo. En el Concilio de Roma, Agatón refutaría este error, defendiendo las dos voluntades que hay en Cristo: La divina y la humana. También introduce el cántico litúrgico en inglaterra, muriendo el año 682.