El español Esteve "Tito" Rabat (Kalex) sumó otra mejor clasificación de entrenamientos, la octava de la temporada, al lograr el mejor tiempo para el Gran Premio de Japón de Moto2 en la última vuelta que realizó al trazado de Motegi. Rabat lo intentó por todos los medios pero no terminaba de desbancar al dominador de la serie oficial, el suizo Thomas Luthi (Suter), quien al final vio como su rival le relegaba a la segunda posición sin que él fuese capaz de rebajar el crono conseguido en la novena vuelta. La tercera y última posición de la primera línea para la formación de salida de la carrera de Moto2 en Japón se la adjudicó el francés Johann Zarco (Caterham Suter), a tres décimas de segundo de Rabat. Luthi saltó al trazado dispuesto a superar lo acontecido durante las sesiones de pruebas libres y logró su objetivo antes incluso de cumplirse el ecuador de la única tanda de pruebas oficiales. En su noveno giro el piloto suizo marcó un excelente registro de 1:50.887 que le convertía en el primero en romper la barrera del minuto y 51 segundos para completar un giro al trazado y le dejaba a escasamente a una milésima de segundo del récord del español Pol Espargaró (Kalex), establecido en 2012. Poco a poco el líder del mundial, "Tito" Rabat, se fue acercando al helvético, pues en su decimocuarto giro se quedó a 92 milésimas de segundo de aquél con un registro de 1:50.979 cuando todavía quedaba poco menos de un cuarto de hora de pruebas y al menos un nuevo paso por los talleres para cambiar el neumático trasero. Aún pudo arañar unas milésimas de segundo Rabat a su desventaja frente al piloto suizo ya que en el decimoséptimo giro que completó se quedó a 28 (1:50.915) de su rival. El intenso tráfico en pista y alguno de los cuatro parciales en los que por uno u otro motivo no podía mejorar su registro parcial forzaron la situación en los instantes finales pero perseverante como el que más, "Tito" Rabat al final logró su objetivo en la última vuelta al trazado japonés. Rabat marcó un tiempo de 1:50.854, nuevo récord de vuelta rápida al circuito, que por apenas 33 milésimas de segundo le entregó en bandeja su octava mejor clasificación de entrenamientos de la temporada y la décima en su carrera deportiva. El líder del mundial compartirá la primera línea de salida con el propio Luthi y con el francés Johann Zarco (Caterham Suter), mientras que su compañero de equipo el finlandés Mika Kallio (Kalex), a la sazón el principal rival en la pelea por el título, se tuvo que conformar con la quinta plaza, tras el español Maverick Viñales (Kalex). Julián Simón (Kalex) mejoró respecto a los entrenamientos libres matinales y pasó de la séptima a la sexta plaza, con Axel Pons (Kalex) en una más que meritoria novena posición y Jordi Torres (Suter) decimocuarto.

Clasificación oficial de entrenamientos para el Gran Premio de Japón de Moto2:

1. Esteve Rabat (ESP/Kalex) 1:50.854 a 155,9 km/h.
2. Thomas Luthi (SUI/Suter) 1:50.887
3. Johann Zarco (FRA/Caterham Suter) 1:51.157
4. Maverick Viñales (ESP/Kalex) 1:51.222
5. Mika Kallio (FIN/Kalex) 1:51.312
6. Takaaki Nakagami (JPN/Kalex) 1:51.317
7. Julián Simón (ESP/Kalex) 1:51.454
8. Franco Morbidelli (ITA/Kalex) 1:51.524
9. Axel Pons (ESP/Kalex) 1:51.543
10. Marcel Schrotter (GER/Tech 3) 1:51.555
11. Sandro Cortese (GER/Kalex) 1:51.558
12. Sam Lowes (GBR/Speed Up) 1:51.646
13. Xavier Simeon (BEL/Suter) 1:51.653
14. Jordi Torres (ESP/Suter) 1:51.715
15. Jonas Folger (GER/Kalex) 1:51.735