El español Dani Pedrosa (Repsol Honda RC 213 V) logró el mejor tiempo en el tercer y último día de entrenamientos en el circuito malayo de Sepang, si bien fue Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1), el más rápido en el cómputo global de los mismos. Pedrosa obtuvo su mejor tiempo en la vuelta 41 de las 57 que completó al trazado malayo, que no se encontraba en tan buenas condiciones como el segundo día de entrenamientos por la lluvia caída durante la mañana, con un registro de 2:00.562, apenas 81 milésimas de segundo más rápido que su propio compañero en la escudería Repsol, Marc Márquez. Márquez consiguió su mejor tiempo en la última vuelta de todas las que realizó (54) y paró el reloj en 2:00.643. La tercera plaza de estos entrenamientos fue para otro español, el campeón del mundo de MotoGP en 2010 y 2012, Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1), quien obtuvo su mejor tiempo en la vigésima tercera de las cincuenta y seis vueltas que realizó, si bien su tiempo del segundo día 2:00.282, fue el más rápido de estas jornadas de entrenamiento en Malasia. La cuarta plaza, tras los pilotos españoles, fue para el italiano Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1) que consiguió apenas 16 milésimas de segundo de ventaja sobre otro español, Álvaro Bautista (Honda RC 213 V) y 32 milésimas de segundo respecto al británico Cal Crutchlow (Yamaha YZR M 1). La primera Ducati fue la Desmosedici del italiano Andrea Dovizioso, sustituto de Rossi en la escuadra transalpina, que acabó octavo a poco más de un segundo del registro de Pedrosa, pero todos ellos todavía lejos de la vuelta más rápida dada en esa pista y protagonizada en 2012 por el australiano Casey Stoner (Honda RC 213), con 1:59.607. El francés Randy de Puniet (ART) fue en esta ocasión el más rápido entre los pilotos de la clasificación CRT (Claiming Rules Team), con un tiempo 2,3 segundos más lento que el protagonizado por el piloto de Repsol Honda. Clasificación oficial de la tercera y última jornada de entrenamientos de MotoGP en Sepang: