Gabilondo cursó sus estudios universitarios en la Universidad Autónoma de Madrid. Es licenciado licenció en Filosofía y Letras y toda su carrera docente se ha desarrollado en la UAM donde comenzó en 1980 como profesor colaborador.
Gabilondo tiene tres patatas calientes sobre la mesa de su nuevo despacho. Uno, el índice de fracaso escolar en España, literalmente desastroso, que no ha cedido ni siquiera manipulando las cifras. El segundo, la polémica por Educación para la Ciudadanía (ya hay más de 52.000 objetores de conciencia), que permanece viva a pesar de la ambigua sentencia del Supremo. El tercero, la coordinación con las Comunidades Autónomas, hoy día prácticamente nula. Quizá demasiado trabajo para alguien que aún lo tiene todo por demostrar en materia política.
Es licenciado licenció en Filosofía y Letras y toda su carrera docente se ha desarrollado en la UAM donde comenzó en 1980 como profesor colaborador. Dos años después pasó a ser Profesor Encargado, puesto que ocupó hasta que en 1983 pasó a ser Profesor Adjunto Interino de Metafísica, Ontología y Teodicea hasta que en 1986 fue ascendido a Profesor Titular de Filosofía (Metafísica).
Desde 2001 ostenta el título más alto en la universidad, el de Catedrático en Filosofía.Gabilondo ha participado en ponencias y comunicaciones del ámbito de la filosofía y en 1981 consiguió el 2º Premio Nacional de Terminación de Estudios. También ganó el Premio Extraordinario de Licenciatura. Es autor de varios libros tales como “La vuelta del otro. Diferencia, identidad y alteridad” o “Mortal de necesidad”.