El atentado se ha producido en torno a las cuatro de la madrugada cerca de la Casa Cuartel burgalesa situada en la avenida de Cantabria. Los 65 heridos no revisten gravedad y casi todos han sido ya dados de alta. Alfredo Pérez Rubalcaba que se ha desplazado a la zona, no duda de la clara intención del atentado en buscar víctimas mortales, al igual que tampoco se extraña ed que la banda no haya avisado, ya que "ha ocurrido otras veces cuando pretenden atentar contra la Guardia Civil".
Tras la explosión, ocurrida en la parte trasera del cuartel, en concreto en la calle Jerez, sobre las 04.00 h. se desplazaron al lugar del siniestro miembros del Cuerpo Nacional de Policía, la Guardia Civil, y la Policía Local, que acordonaron la zona hasta una distancia de unos doscientos metros. La casa cuartel de la Guardia Civil, estaba ocupada por 120 personas en el momento de la explosión y no hubo ningún tipo de aviso previo sobre la colocación del artefacto.
Las asistencias sanitarias dispensaron atención a los 65 heridos en el lugar del suceso, en primer lugar, y posteriormente algunos de los lesionados fueron trasladados a la Residencia de Oficiales de la Guardia Civil y al polideportivo de la Policía Local, situado muy cerca de la Casa Cuartel.
También algunos fueron conducidos al Hospital General Yagüe, sobre todo afectados por contusiones y cortes leves, mientras el Grupo de Intervención Psicológica en Desastres y Emergencias también presta atención a las familias.
En concreto, de los 65 lesionados que ha causado la explosión veintisiete residen en la casa cuartel, de los cuales 13 son mujeres, 9 hombres y 5 niños.
Las Fuerzas de Seguridad del Estado, la Policía Local y los Bomberos de Burgos han colaborado en el lugar del atentado, al que se han desplazado el ministro del Interior, Alfredo Pérez Rubalcaba, y el presidente de la Junta de Castilla y León, Juan Vicente Herrera. Rubalcaba ha definido la explosión como "un gran atentado fallido" y ha considerado que el atentado buscaba sin "ninguna duda" víctimas mortales "en un lugar donde dormían casi 120 personas". Lo ha calificado en rueda de prensa de "especialmente canalla" porque no sólo pretendía atentar contra los guardias civiles, sino también contra sus familias.
Pérez Rubalcaba ha matizado que no es extraño que la banda terrorista no haya avisado antes de producirse la explosión porque esto "ha ocurrido otras veces cuando pretenden atentar contra la Guardia Civil".
El presidente de la Junta de Castilla y León, Juan Vicente, ha coincidido con Rubalcaba en que, por todos los indicios y detalles, "ETA ha visitado Burgos con intención de matar", de hacer el "mayor daño posible". Herrera, quien ha visitado el lugar del suceso junto al delegado del Gobierno, Miguel Alejo, ha señalado que el atentado representa una "barbarie propia de asesinos" que podría haber causado efectos muchos más trágicos porque incluso había niños en la casa cuartel.
