El piloto surafricano es líder destacado de la categoría y ya había sido el más rápido de entrenamientos en las citas de Argentina, Cataluña y República Checa, por lo que con esta clasificación seguramente busca sentenciar cuanto antes su primer título mundial, al contar con 86 puntos de ventaja sobre su inmediato perseguidor, el español Navarro.El piloto de Estrella Galicia 0'0 se convirtió en el primer líder de la sesión oficial al rodar en su segunda vuelta en 1:43.150, aunque pronto le doblegó el líder del campeonato, el surafricano Brad Binder (KTM), mientras que Joan Mir (KTM), que había sido el más rápido en el cómputo global de los libres era decimoctavo y a cada vuelta cedía alguna posición en ese tramo inicial de pruebas.Enea Bastianini (Honda) fue el siguiente en tomar la iniciativa en la cuarta vuelta, con 1:43.054, pero sin romper la barrera de ese segundo (42), que por la mañana lograron seis pilotos.Arón Canet (Estrella Galicia 0'0 Honda), séptimo en el global de los libres mejoró una posición en los primeros minutos de los oficiales, aunque todavía entonces a casi seis décimas de segundo de su mejor tiempo del fin de semana, pero en la vuelta ocho tanto Binder como él dieron un salto en la tabla para colocarse en las dos primeras posiciones con apenas una décima entre ambos, con Navarro tercero y Jorge Martín (Mahindra) quinto.Pero por detrás de ellos llegaba el italiano Nicolo Bulega (KTM), pupilo de Valentino Rossi que en los libres no había pasado de la octava plaza y por 68 milésimas de segundo relegaba a la segunda plaza al líder del mundial.En tanto, Jorge Martín dejó con ese primer tiempo de la octava vuelta atrás todos los problemas de entrenamientos libres, 1:43.112, que era ya más de seis décimas de segundo más rápido que su anterior mejor registro en Misano Adriático.Los entrenamientos fueron ganando en intensidad y así se entró en el último cuarto de hora con hasta quince pilotos clasificados en menos de un segundo de diferencia y multitud de cancelaciones de tiempo como consecuencia de apurar más de lo debido los límites del circuito buscando una mejoría en el cronómetro.A siete minutos de la conclusión de la tanda oficial prácticamente todos los pilotos entraron en sus talleres a cambiar el neumático trasero con el claro objetivo de sentenciar la clasificación de la mejor manera posible y, una vez más, se vio a un numeroso grupo de ellos esperando una "rueda buena" para coger su rebufo y beneficiarse de ella.La primera víctima destacada de esa "intensidad" de entrenamientos fue Jorge Navarro, quien con poco más de un minuto por delante se fue al suelo y no pudo defender con éxito la tercera posición que ocupaba por entonces de los ataques de sus rivales y se tuvo que conformar con el quinto lugar.Brad Binder fue el más beneficiado de esa vorágine de rebufos y en la última vuelta que completó se puso al frente de la clasificación con 150 milésimas de segundo de ventaja sobre Enea Bastianini, quien relegó Nicolo Bulega en la tercera plaza casi al mismo tiempo que Jorge Martín saltaba por los aires y salía como podía de la pista para no ser arrollado por otros pilotos.Martín se tuvo que conformar con ser duodécimo, por detrás de Navarro, que concluyó quinto, por delante de su compañero en la escuadra Estrella Galicia 0'0, Arón Canet, sexto, y Juanfran Guevara (KTM), noveno.Joan Mir, que había sido el mejor en los libres, no pudo repetir su actuación en los oficiales, en los que cayó a la decimosexta plaza, pero a algo menos de nueve décimas de segundo del registro de Binder, lo que bien podría presagiar un grupo muy amplio de pilotos en cabeza de la segunda carrera por tierras italianas.María Herrera (KTM), se clasificó en la vigésimo tercera plaza, con Albert Arenas (Peugeot), vigésimo sexto, y Marcos Ramírez (Mahindra), vigésimo octavo.

Clasificación oficial de entrenamientos para el Gran Premio de San Marino de Moto3:

1. Brad Binder (AFS/KTM) 1:42.398 a 148,5 km/h.
2. Enea Bastianini (ITA/Honda) 1:42.548
3. Nicolo Bulega (ITA/KTM) 1:42.631
4. Jakub Kornfeil (RCH/Honda) 1:42.659
5. Jorge Navarro (ESP/Estrella Galicia 0,0 Honda) 1:42.710
6. Arón Canet (ESP/Estrella Galicia 0,0 Honda) 1:42.842
7. Philipp Oettl (GER/KTM) 1:42.955
8. Hiroki Ono (JPN/Honda) 1:42.962
9. Juanfran Guevara (ESP/KTM) 1:42.985
10. Fabio di Giannantonio (ITA/Honda) 1:43.033
11. Gabriel Rodrigo (ARG/KTM) 1:43.080
12. Jorge Martín (ESP/Mahindra) 1:43.112
13. Andrea Locatelli (ITA/KTM) 1:43.120
14. Niccolò Antonelli (ITA/Honda) 1:43.133
15. Jules Danilo (FRA/Honda) 1:43.222
16. Joan Mir (ESP/KTM) 1:43.291